La chiesa si erge sulla sommità settentrionale del colle capitolino ("Arx"), dove sorgeva l'antico tempio di Giunone Moneta (cioè "ammonitrice"). Il tempio risalirebbe al 343 a.C. e fu fondato da Camillo dopo una vittoria sugli Aurunci. Qui vicino sorse, in seguito, la zecca di Roma denominata proprio "Moneta" per il fatto di essere stata 1 Scalinata con colonna costruita accanto al tempio: da qui il nome "moneta" che tuttora diamo al denaro. La Zecca, forse in seguito all'incendio dell'80 d.C., fu ricostruita alle pendici del Celio: i suoi resti sono stati riconosciuti sotto l'odierna basilica di S.Clemente. Dalla piazza del Campidoglio due scalinate costruite su progetto del Vignola tra il 1547 ed il 1552 portano, rispettivamente, al "Capitolium" ed alla chiesa di S.Maria in Aracoeli.
In cima alla scalinata fu posta una colonna con capitello corinzio e croce a ricordo del terremoto del 1703 che provocò tanto spavento ma pochi danni. Sull'origine di S.Maria in Aracoeli si sa poco ma già nell'880 si rammenta "S.Maria in Capitolio" (la dizione "in Aracoeli", corruzione romanesca dell'Arx Capitolina, verrà soltanto nel XIV secolo) ma addirittura la si dice fondata da Gregorio Magno nel 590. Sicuramente una chiesa in stile romanico fu costruita a metà del XII secolo con l'ingresso rivolto verso l'Asylum, con il bellissimo affresco della "Madonna ed il Bambino fra due Angeli", Il nuovo orientamento fu opera dei Francescani e la nuova chiesa, in stile gotico, fu inaugurata nel 1348 insieme alla scalinata. Nel Medioevo la Chiesa divenne quasi il nuovo foro di Roma: Cola di Rienzo vi parlò al popolo; Carlo d'Angiò vi tenne parlamento con i Romani; i guelfi di Roma vi si difesero contro l'imperatore Arrigo VII; vi si tenevano anche le elezioni dei Caporioni della città. Il carattere civile e religioso finì per essere profanato durante l'occupazione francese e la Repubblica del 1797, quando la chiesa venne sconsacrata ed adibita a stalla. Si riabilitò con la fine della Roma napoleonica, ma dopo il 1870 si trovò al centro dei lavori di demolizione per la costruzione del Vittoriano e riuscì a salvarsi a stento, mentre venivano abbattuti l'antica sagrestia, il convento e la Torre di Paolo III che sorgevano alle sue spalle. La facciata, con l'ampia superficie di nudo laterizio, era ricoperta di mosaici e di affreschi, purtroppo spariti; vi erano anche tre rosoni sopra i portali ma quello centrale, a croce gerosolimitana, fu tolto durante il pontificato di Urbano VIII (1623-44) per l'inserimento di una finestra con vetrata a colori, con tanto di api dei Barberini, come possiamo ammirare ancora oggi. Non vi è neppure l'orologio, il primo installato a Roma nel dicembre del 1412, ad opera del maestro Ludovico da Firenze, che ne costruì il meccanismo, e del maestro Pietro da Milano, che vi collocò la campana. La cosa era talmente importante che fu istituito uno speciale ufficio, i "moderatores horologii", affidato ai fratelli Domenico e Fabio della Pedacchia. Originariamente era posto sulla sinistra della facciata, poi al centro ed infine fu spostato sulla facciata del Palazzo Senatorio nel 1806: fino al 1886 ne restò la mostra ma oggi c'è soltanto il buco. Le 122 colonne che dividono l'interno della chiesa in tre navate furono recuperate da vari edifici antichi: l'iscrizione, sulla terza colonna da sinistra, "a cubicolo Augustorum", farebbe pensare che essa provenga dalla stanza da letto dell'imperatore sul Palatino.
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